Có hai phương pháp tự động khởi động chương trình khi khởi động vào Windows 3.11.

Đầu tiên, tạo một biểu tượng cho những gì bạn muốn bắt đầu. Hoặc, sao chép biểu tượng của những gì bạn muốn bắt đầu và đặt nó vào nhóm khởi động trong Trình quản lý chương trình. Mọi thứ trong nhóm khởi động sẽ tự động khởi động khi Windows khởi động mỗi lần.

Ngoài ra, từ MS-DOS, bằng cách gõ win, bạn có thể thêm chương trình bạn muốn chạy sau lệnh. Ví dụ: gõ win notepad sẽ chạy Windows và tự động khởi chạy notepad.